OrthoMCL

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 http://orthomcl.org/orthomcl/

OrthoMCL은 3종 이상의 진핵생물들의 게놈의 Ortholog grouping(혹은 Clustering)을 할 때 가장 많이 쓰이는 프로그램이다.

 알고리즘은 아래와 같다.

  1. blast를 통한 서열 유사성 검사
  2. 종간 reciprocal match 검사
  3. 최소 3종간의 triangle 형성시 cluster 형성

 F3.medium.gif

 Example of a group from the EGO subset that is extended by OrthoMCL. Five synaptobrevin genes were clustered together by OrthoMCL

 

 

Flow chart of the OrthoMCL algorithmfor clustering orthologous proteins.

F1.medium.gif

  1. All-v-all BLASTP of the proteins
  2. Compute percent match length (query, subject lenth, HSP length, etc.)
  3. Apply thresholds to blast result (E-value < 1e-5/ match length fraction >= 50%)
  4. Find potential inparalog
  5. Use the MCL program to cluster the pairs into groups

 

두 종의 게놈의 ortholog 분석은 INPARANOID 알고리듬을 쓰기도 한다. (이 경우엔 OrthoMCL과 차이가 없다.)

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